员工违规停职期间工资怎么发是一个比较常见的问题，涉及到员工的权益和企业的利益。在处理这个问题时，需要考虑到企业的规章制度、法律法规以及劳动法的相关规定。

一、企业规章制度的规定

首先，企业可以根据自身的实际情况和需求，制定相应的规章制度，明确员工违规停职期间的工资发放方式。一般来说，企业可以采取以下几种方式：

1. 停职期间保留工资

企业可以在规章制度中规定，在员工违规停职期间，企业将继续保留员工的工资待遇，但可能会扣除相应的奖金或其他激励措施。这种方式可以保障员工的正常生活，同时也能在一定程度上减少企业的经济损失。

2. 停职期间不发工资

企业也可以在规章制度中规定，在员工违规停职期间不发工资。这种方式适用于一些较为严重的违规行为，以示惩罚。但是需要注意的是，企业应当事先告知员工相关规定，避免出现不必要的误解和纠纷。

3. 根据合同约定处理

如果员工与企业的劳动合同中对于员工违规停职期间的工资发放有明确的约定，企业应当按照约定执行。

二、法律法规的规定

除了企业自身的规章制度，法律法规对于员工违规停职期间的工资发放也有相关规定。一般来说，用人单位应当依法支付员工的工资，除非法律法规另有规定。具体来说：

1. 《劳动法》规定

《劳动法》规定，用人单位应当按照劳动合同的约定向劳动者支付工资，包括正常工作时间内的工资以及加班加点工资等。如果员工违规被停职，用人单位可以扣除相应的奖金或其他激励措施，但不得扣除基本工资。

2. 地方性法规规定

一些地方性法规还规定了用人单位对于员工违规停职的具体处理方式。例如，某些地区规定企业在员工停职期间可以不发工资，但必须事先告知员工并保留相关证据。需要注意的是，地方性法规的规定可能会因地区而异，具体情况需要参考当地的法律法规。

三、案例分析

为了更好地理解这个问题，我们来看一个案例：

小明是一家公司的员工，在工作过程中存在违规行为，被公司停职调查。经过调查发现，小明的违规行为比较严重，公司决定对其作出开除处理的决定。对于小明的工资待遇问题，双方发生了争议。

公司认为小明的行为严重违反了公司的规章制度，按照公司的规定不应该发放停职期间的工资。但是小明认为自己的行为并没有严重违反公司的规定，因此应该正常发放工资。

经过仲裁机构的调解和仲裁，最终双方达成一致：在小明的问题处理完毕后，公司将一次性支付其正常的工资和相应的补偿费用。需要注意的是，具体的处理结果会因案件情况而异，具体问题还需要参考相关的法律法规和司法解释。

综上所述，员工违规停职期间工资怎么发是一个比较复杂的问题，需要考虑到企业的规章制度、法律法规以及劳动法的相关规定。在处理这个问题时，企业应当遵守法律法规的规定，尊重员工的合法权益，合理地制定相应的规章制度和处理方式。同时，员工也应当了解相关的法律法规和企业的规章制度，避免出现不必要的误解和纠纷。