擅自离职扣工资是不合法的。根据《中华人民共和国劳动法》的规定,用人单位应当按照劳动合同的约定向劳动者支付工资,不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果劳动者擅自离职,用人单位仍然应当按照约定支付其应有的工资,不应该扣发其已经工作的天数内的工资。
此外,用人单位还应当遵守相关的法律法规和规章制度,不得随意解除劳动合同,更不得对劳动者进行罚款等处罚。如果用人单位违反了相关的法律法规和规章制度,劳动者可以向劳动监察部门投诉举报,维护自己的合法权益。
总之,用人单位应当遵守相关的法律法规和规章制度,尊重劳动者的合法权益,不得随意扣发劳动者的工资或者进行其他形式的处罚。如果用人单位违反了相关的规定,劳动者可以采取相应的措施维护自己的合法权益。