本公司离职人员,在离职前参加过特殊工种证考试(公司必须有该证,且人与证件上相符合的),费用由公司出,但必须是该员工在本公司服务满3年(考证当时员工与公司签订了培训合同),如果服务不满年限,则员工需承担一部分费用,具体核算方法在合同中已经写明。如果员工离职,该证则必须重新安排其他员工去考取,离职人员的特殊工种证件则无效。
公司在核算上述离职人员(服务年限少于培训合同约定的时间)工资时,将培训合同中约定的员工承担费用予以扣回,导致离职时的离职工资为负数。
问题:公司这样核算发放离职人员工资是否合理合法?