一个一百多人的小企业,是个分公司,只有一个人事,直属上级是总部的一个人事主管和总经理,平时汇报工作都是通知QQ或邮件的形式,这个人事1月份怀孕了(怀孕前三个月是妊娠反应最严重,胎儿最不稳定容易流产的时间段),把此事告诉了人事主管,并申请招一个人事,主管同意了,但时逢过年,未能招到,早听说公司年后3月左右会搬新办公室(新办公室离这个人事住的地方比较远,而且没有直达公交车,而且新办公室是刚建好正在装修的,办公桌椅也是新添置的,可能会甲醛含量超标,对孕妇不利),但不能确定具体什么时候搬,因为要看装修的进度,年后2月7号上班,这个人事就开始想尽办法招新的人事,面试了N个之后主管终于同意了通知一个2月17号来报到,可2月15号的时候总经理刷了这个录用者,说这个录用者不行,要重新再招,这个时候人事跟总经理说了她要离职,因为胎儿一直不稳定,一直在吃药保胎,2月20到24号因为有先兆性流产征兆流血住院,这时听说公司2月27搬办公室,2月25该人事跟人事主管说因为以上几点原因没办法再继续在公司上班了,申请离职,主管同意了,于2月26办好离职交接手续(工作暂时交接给行政助理),填好离职单。到3月10号发2月份工资的时候,该人事发现她才收到一百多块钱工资,原因是2月份的社保费包括个人和公司应交部分全部从其工资中扣除了,公司的解释是因为该人事未提前填写离职申请单导致公司2月份没办退工,还有离职员工不享有病假工资。
请问公司这么处理这件事合法吗?员工该如何维护自己的合法权益?(这个案例写得有点长,只是想让大家更清楚事情的来龙去脉),希望各位牛人依据法律和经验谈谈自己的意见和建议,多谢!