我们是一家软件研发及销售的公司，由于公司的一些原因，没有设定加班薪资这一项制度。平时计算出勤时，潜意识里与老板达成一个约定，出勤天数会根据员工请假天数和频繁度和加班时间相抵。所以一般某些员工请事假在工资表里没有体现扣工资。本月计算10月份薪资的时候，发现一个员工请假3天，并且几乎没打卡记录，据我了解，10份没怎么加班，所以就扣了薪资。这位员工看到自己的薪资后，就来找我理论，说他之前多么辛苦，就请个几天假就来口薪资，我的做法太过分了。他们的部门领导又是护犊子的性格，也来私下找我理论。说他们部门都很辛苦，不能因为请假就扣了薪资。事情发生后我有跟部门领导和老板一起讨论过，我的这个做法没有错误，要部门领导去解决。最近在看一本《做一个刚刚好的女子》，我事后思考了下，是不是因为之前我做事太放宽条件，或许是我太纵容，太惯着他们了，才会有今天的冲突出现。
公司还有一个制度是8点上班（软件园内，为避免高峰期，早上班，早下班），允许8：15不算迟到，如果前一天有加班，第二天可以适当迟点过来。可是有些员工，即使前一天没有加班，第二天也磨蹭到9点，甚至9点过后上班。我去提醒他，他说我晚点下班补回来就好了，可是事实并没有。跟部门经理沟通，部门经理一直以他们部门辛苦为由，拒绝配合我。可是大家都是上班的，谁不辛苦？他们是有加班，不过不是经常，一般一个月会有一周发布新版本的时候会加班。
一开始的纵容，现在想改变，到底该怎么做呢？
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