对于怀孕后一直休病假的女员工，处理起来的确比较棘手，我认为，可以这样来思考：
1、查看相关规定。
针对女员工怀孕身体不适需要休养而请病假的规定，有以下两个规定。
（1）劳动部规定。劳动部关于《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期： (一)实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。 (二)实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的为九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。
（2）劳动总局复函。国家劳动总局保险福利司《关于女职工保胎休息和病假超过6个月后生育时的待遇问题给上海市劳动局的复函》中第1条规定“女职工按计划生育怀孕，经过医师开据证明，需要保胎休息的，其保胎休息的时间，按照本单位实行的疾病待遇的规定办理”。
（3）洛阳市规定。查阅河南省有关职工病假的规定，职工患病，在医疗期内停工治疗期间，每月领取的病假工资不得低于当地最低工资标准的80%。
（4）合同约定。这得需要查看怀孕女员工与公司之间签订的劳动合同中对病假待遇的约定了，如果有约定则需要按照约定来执行，如果没有则可以按照河南省的规定来执行。
2、合法的分析。
由此可见，只要具备申请病假的材料，即有资质医院出具的诊断证明或病假单，怀孕女职工因保胎需要休息的，应按照病假处理。 法定医疗期是指劳动者因患病或非因工负伤停止工作治病休息，而用人单位不得依照《劳动合同法》第40条、第41条解除劳动合同的时限。超过法定医疗期仍需休病假的，用人单位可以要求劳动者进行劳动能力鉴定，并按照规定与劳动者解除劳动合同。
由于该商务部同事处于“三期”内，即使法定医疗期满，只要她持符合要求的诊断证明或病假单，仍可以请病假并按法律规定享有病假工资。
3、兼顾双方利益又避风险的做法。
这可以说是一个三难的要求，我认为，应当这样来处理方为相对和谐并且成本较低。
（1）立即找员工分担其工作。由于已经因此请病假，其承担的工作必须正常开展，但我认为，不宜招聘新人来，一是人力成本增加，二是产后可能回司上班的安排问题。所以，暂时找几位同事来分担其工作是比较好的做法，甚至适当给予这些同事一些奖励都可以的，毕竟只是临时几个月，把话讲明说透，相信会理解和支持这样的做法的。
（2）与怀孕同事约定待遇。按照河南省或劳动合同相关规定，请病假期间可以按照双方约定或当地最低工资标准的80%发放，时长上以医院证明为准，公司也可以不去查证虚假。顺便劝慰其注意身体和休养，基本也不会有什么疑问。
（3）及时请示老板的批准。如上安排妥当后，可向老板进行请示，说明这样处理的好处，同时没有增加公司负担，也不会引起法律风险，相反在员工中还可以塑造老板“仁慈之心”的形象，对员工的归宿感增强有帮助。对此，老板是会同意的。
当然，也有一些老板一味考虑“低成本高利润”，尽量减少自己应当承担的社会责任，强行要求人力资源部门给怀孕员工谈话，使用威胁、劝诱、穿小鞋等方式，轻则让胆小的员工心情受到影响，重则让孕妇情绪激动，进而吵闹、哭闹、家属大闹公司或者走上仲裁、诉讼等渠道，影响员工身心健康和公司正常经营管理秩序是小，对胎儿正常发育带来危害进而影响祖国下一代整体素质是大啊，如果类似违法行为比较普遍，祖国的未来则可想而知，所以，对这此不认真履行社会责任的企业或者老板，HR者不要助纣为虐，否则，你良心是大大的坏了。
孕期女职工休病假，如果要按相关法律法规执行，那病假医疗期也是有规定的，而该员工又是在三期内，所以即使按照病假处理，但病假医疗期结束或是还没有结束又要开始休产假了。产假又得98天，即使你将该员工病期医疗期处理完成，产假又来了。根据案例中的描述，该人员才怀孕三个月，孕期还有半年时间左右，而且产假又是三个多月，前前后后加起来都快一年多了。三两个月可以由同事们大家共同分担一下岗位工作，但是这么久同事们又如何分担呢？所以还是要解决目前的问题是最重要的。
正常情况下女员工怀孕还是会尽量坚持上班，除非真是身体不适才会请假休息，毕竟生孩子对女人来说还是非常重要的。当然也不排除一些娇娇小姐，一旦怀孕就会像公主一样被家人保护起来，但对于他们的来说是不需要继续工作的。还有就是为了能拿到产假工资，即使身体不适也要想办法拖到产假后，这样想法的人毕竟是很少很少的，因为这情况很少所以我们暂时先排除掉。接下来我们先分析一下孕期员工的情形。
* 女职员工孕期身体素质太差不能继续工作，必须休假保胎；孩子对每位女性来就是重生，当然工作也是很重要，对于孕期职工来说的确很不容易。我们作为企业的HR，除了理解之外还得想办法尽量帮助三期女职工。虽然他们在孕期，但也不想吃软饭，这年头你说是经济问题吗，我相信应该是没有的，即使有那也是极少极少，不管怎么说生孩子的积累还是有的。他们只是为了一份职业，为了一份工作，由于身体差问题不能继续上班，只能配合医生进行保胎及调养。
* 女职工在孕期受妊娠反应不能继续留在岗位工作，只能休病假在家调养（做了妈妈的人都能理解，有些女性在怀孕初期就像是得了重病一样），在妊娠反应期（约三个月左右）休病假，过了反应期后就可以恢复正常工作。其实这也是可以与员工进行沟通的，一般来说女职工妊娠反应期大概就是两三个月时间，过了这段时间他们基本上还是可以回到岗位继续工作。但员工应该与企业沟通好，否则企业也很难安排工作，做人不能只为自己着想，适当为考虑一下他人的感受。
* 女职员工在孕初期妊娠反应，可以坚持继续留在岗位工作，但不想上班，又不想失去这份工作，就向公司请病假休息；但是病假也是有相关规定的，总不能在孕期一直都以病假处理吧，企业也要发展，岗位工作也要运作呀。
* 孕期女职工为了想拿到产假工资，又不想工作；这类人才是很少很少的，但也不排除绝对没有。对于这类的女员工，首先了解该员工在公司的工龄、平时的工作表现等，按照相关规定该怎么做就怎么做。
案例中楼主只提了主角已休两个月的病假，但是也不知是主角是否还会继续休病假，而且是怀孕不久就向公司提交了一份报告，提交了一份当地人民医院的病假证明，而且医生在开具病假证明时，是否有注明休息时间。根据这样的信息，楼主是否与这位女主角进行沟通过？了解员工接下来的计划是怎么样的？前面说到员工休病假是受工龄约束的。
1）与员工沟通办理停薪留职，然后招聘新人员接替该岗位工作；对于一家人员不多的销售公司来说，如果真要将该人员岗位的工作分配出去给其他的同事去做，难度还是有的，有难度并不代表不可能呀，公司里的女同事怀孕期间还是尽量给予帮助与支持。作为公司的HR，该人员都休病假两个月，不妨约个时间去她家里探病去，一来给员工的关怀，二来也可以了解与确认员工是否真的需要保胎。如果怀孕员工真是身体不适需要休假保胎，则与其沟通协商，了解员工是否还有意向回到公司工作，如果员工对公司的忠诚度及工作表现都是很不错的话，建议协商办理停薪留职，待员工休完产假后再回到企业上班。
2）告知员工病假期的国家的规定及公司的处境，让员工自行决定是否辞职；孕期女职工长假请病期，事必也会影响企业正常工作的开展。告知员工国家法律法规对病假的要求与规定，结合企业对病期的执行情况，希望得到员工理解。如果员工只是以怀孕身体不适为借口，而不想去上班的话，可以协商解除劳动合同，当然企业也得适当给予经济补偿。只要解除劳动合同后，企业则可立即招聘人员接替工作，也算是顺利地解决此事。
3）三期女职工的处理方式； 对员工三期女职工来说处理起来是比较麻烦，但是只要处理得及时，处理得好的话，还是不会影响企业与员工之间的友谊。
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