综合工时制和不定时工作制下考勤怎么处理？

公司申请了不定时工作制和综合工时制，那员工加班是没有加班工资一说的。员工劳动合同也签订的综合工时制，

但是公司员工手册规定了工作时间是9点——18点。考勤打卡，迟到要扣钱。 这两个规定矛盾吗？实际操作中应该怎么办呢？

回答一：

　　综合工时制与不定时工作制的共同点

　　1. 两者都要经过劳动行政部门的审批才能实施  

　　休息权是宪法赋予每一位劳动者的应有权利，为了保证劳动者的健康，必须有必要的休息时间。而无论是综合工时制，还是不定时工作制，都有可能占用劳动者的休息时间；因此这两种工时制度都应该受到严格的限制，在实践中表现为应当经过劳动行政部门的审批。此点被《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第7条所确认。任何企业，未经劳动行政部门的批准，不得擅自施行综合工时制或不定时工时制。

　　 2.两者都不用支付在休息日工作的加班费

　　《劳动部关于贯彻执行<劳动法>的意见》第62条规定，施行综合工时制的企业职工，工作日正好是周休息日的，属于正常工作。可见，在综合工时制下，劳动者在休息日工作的，用人单位无需支付加班费。同样，由于在不定时工作制下不存在是否延长工作时间的问题，因此也无需支付在休息日工作的加班费。

　　3.两者都要支付在法定节假日工作的加班费  

　　法定节假日不同于一般的休息日。设立法定节假日不仅是为了保障劳动者的休息权利，更重要的在于这些节日的纪念价值。因此，如果劳动者在法定节假日加班的，不论用人单位实行的是综合工时制，还是不定时工时制，都应当按300%的标准支付加班费。

回答二：

那申请了不定时工作制的企业，在劳动合同签订中已经写明了不定时工作制。但是员工手册又规定工作时间是9：00——18：00。所有人不得迟到。这样的约定合法吗